В 1986 году поступил на географический факультет КазГУ и закончил его в 1991 году по специальности «геоморфология». Отказался от предложения учиться в аспирантуре Института географии Академии наук Казахстана и вернулся в аул в соответствии с казахским обычаем, когда младший сын является хранителем родительского очага. Работал специалистом в Мангистау-Устюртском обществе охраны памятников, в областном управлении экологии, а затем учителем в районной средней школе вплоть до катастрофы в 1995 году. В результате катастрофы получил травму позвоночника и стал инвалидом 1 группы. Несмотря на тяжелейшее состояние, с 1996 года он концентрируется на разнонаправленных масштабных теоретических исследованиях, результатом которых стали 10 книг, изданных при жизни С. Кондыбая. Уже после смерти автора были изданы подготовленные им к печати четыре книги и перевод монографии М.Элиаде «Аспекты мифа» (второй том десятитомной «Антологии мировой культурологической мысли»). Помимо этого, Кондыбай опубликовал более 90 научных, научно-популярных и публицистических статей в республиканской прессе.