Родился 14 сентября 1859 года в Киевской губернии, в имении Скшипщинец, принадлежавшем деду по материнской линии. В четырехлетнем возрасте мальчик лишился матери и после этого жил с отцом в Петербурге. Большое влияние на него оказала мачеха. До десяти лет он учился дома, затем — в гимназии. Семья терпела нужду, отец умер, когда Фаддею было 14 лет. В 1879 году Фаддей Зелинский окончил в Лейпциге классическую филологическую семинарию, созданную на средства российского правительства, затем учился в немецких университетах, в Лейпциге, Мюнхене, Вене, некоторое время также в Риме. В 1880 году в Лейпциге он защитил первую свою диссертацию, касавшуюся последних лет Второй Пунической войны. После шести лет пребывания в Европе Ф.Зелинский вернулся в Петербург. Однако здесь не признали его магистерскую степень, и он вынужден вторично защищать свою диссертацию. Подготовленная им позже докторская диссертация не была принята в Петербурге — ее пришлось защищать в Дерпте. В 1885 году Ф.Зелинский стал профессором Санкт-Петербургского университета. В сфере его научных интересов — археология, история латинской и греческой литературы, он выступал как издатель и комментатор Вергилия, переводчик Софокла, Цицерона, Овидия. Его сочинения, помимо специальных журналов, печатаются в популярных "Вестнике Европы", "Русской Мысли", "Аполлоне", переводятся на множество европейских языков, вызывают бурную дискуссию, как в академических сферах, так и в широких кругах русской интеллигенции. С 1893 года Фаддей Зелинский — член-корреспондент, с 1916 — почетный академик Российской Академии наук. В 1922 году он уезжает из России в независимую Польшу, где становится профессором Варшавского университета и с успехом продолжает свою научную работу. Ученый публикует тетралогию "Античный мир", книги "Независимая Греция", "Римская республика", "Римская империя". К двум книгам по истории античных религий, изданным в России, добавляются "Эллинизм и иудаизм", "Религия Римской республики". После начала Второй Мировой войны Фаддей Зелинский оказался в Верхней Баварии, где в деревне Шондорф, близ Мюнхена, умер 8 мая 1944 года, незадолго до смерти окончив шеститомный труд по истории религий.